Công ty Tôn Đông Á được thành lập vào cuối năm 1998 và chính thức đi vào hoạt động vào đầu năm 1999. Vào đầu năm 2009, Tôn Đông Á đã bước sang một bước ngoặt lớn là chuyển đổi từ hình thức Công ty Trách Nhiệm Hữu Hạn sang Công ty Cổ phần để phù hợp với tình hình phát triển của Công ty và hòa nhập vào sự phát triển chung của đất nước và thế giới.